O INCM é dirigido por um Conselho de Administração (CA), órgão deliberativo, constituído por cinco membros cuja actividade é exercida em tempo parcial, designadamente, um Presidente e quatro membros (Administradores) de reconhecida idoneidade e experiência relevante na área de comunicações.
O Presidente do Conselho de Administração (PCA) é nomeado e exonerado pelo Conselho de Ministros sob proposta do Ministro de tutela. Ainda, cabe ao Ministro de tutela nomear e exonerar os restantes membros do Conselho de Administração sob proposta do seu Presidente.